本发明涉及计算机软件保护技术领域,且公开了一种计算机软件的保护方法和系统,适用于服务器,该服务器包括存储模块、监测模块和处理模块。本发明在服务及启动开机至运行过程中,均通过检测模块对计算机软件的程序启动、运行、内容进行实时采集和监控,接收所有软件数据源的数据,并对流动数据进行识别、计算最终后测评,得到测评值CP后与保护模块中的阈值进行对比匹配相应等级保护的级别进行限流、截停和关闭发布相应的命令,进而提高对系统保护的质量。且测评值CP通过公式、平均值计算,减少因被测对象中有错误的概率及已发现错误的个数成正比,提高软件程序测评值的精确度,且便于降低软件的使用风险。